Quand Harry Potter était bébé, un personnage méchant et cruel avait le pouvoir sur les sorciers. C'était l'affreux V... euh...Voldemort. Peu de gens osent prononcer son nom ! Il tua Lily et James Potter, les parents de Harry. Mais quand il essaya de tuer celui-ci, il perdit ses pouvoirs et se volatilisa. Harry garda alors pour toujours sur le front une cicatrice en forme d'éclair, seule trace du mauvais sort lancé contre lui. Des personnages étranges déposèrent l'orphelin sur le perron des Dursley (son oncle, sa tante et son cousin) qui étaient des simples "Moldus", c'est-à-dire des gens dépourvus de pouvoirs magiques. Ces derniers, pendant onze ans, cachèrent à Harry qu'il était du monde des sorciers et ils lui racontèrent que ses parents avaient été tués par un accident de voiture.

Un jour, Harry reçut une lettre. Mais l'oncle Vernon la lui arracha des mains. Harry entendit alors ce dernier et la tante Pétunia marmonner des phrases comme : "Que faut-il faire ? Leur répondre ? Leur dire que nous ne voulons pas..." Le lendemain, une autre lettre arriva. Vernon les détruisit. Les mystérieux expéditeurs envoyèrent alors de plus en plus de lettres.

C'est à partir de ces évènements que Harry va découvrir la vérité sur ses parents et rejoindre la fameuse école de Poudlard pour y apprendre la sorcellerie. Il va aussi y pratiquer le Quidditch, le sport des sorciers.

Mais son passé reste encore plein de mystère

Cet été est horrible ! Les Dursley découvrent que Harry n'a pas le droit de faire de la magie pendant les vacances et l'enferment dans sa chambre, en ne le laissant sortir que pour faire sa toilette, afin qu'il ne retourne jamais à Poudlard. Heureusement, les incorrigibles frères Weasley décident d'agir. Harry peut donc poursuivre ses études. Cette fois, il ne fait pas sa rentrée à Poudlard par le train, mais... En voiture volante ! Il n'en a pas fini avec les émotions : depuis peu, des élèves sont agressés par un mystérieux monstre caché dans une certaine Chambre des Secrets, aménagée autrefois par Salazar Serpentard. Qui est donc "l'héritier de Serpentard" ? Suspense...

Peu avant la rentrée, Harry apprend que Sirius Black, un dangereux criminel, s'est échappé de la terrible prison des sorciers, et qu'il veut le tuer ! Pour quelle raison ? Mystère... Cette année, entre les cours de Soins aux créatures magiques et de Divination, Harry vit des aventures palpitantes. Notamment avec ces créatures horribles, les Détraqueurs, qui ont le pouvoir de vider les gens qui passent à proximité de leur joie, les forçant à revivre les plus mauvais souvenirs de leur vie. Qu'y a-t-il sous cette cagoule qu'ils ont sur la tête ? Les gens qui l'ont vu n'ont jamais pu le dire, car quand ces monstres répugnants révèlent leur "visage" (si on peut appeler ça ainsi), c'est pour donner le "baiser" fatal qui aspire l'esprit de ses victimes. Harry est-il à l'abri du danger qui le menace ?

Cet été, Harry Potter va chez les Weasley pour assister à la Coupe du Monde de Quidditch. Mais au camping installé près du stade, il se passe des évènements étranges... Harry n'a pas fini d'être surpris. Arrivé à Poudlard, il découvre que le Tournoi des Trois Sorciers, une compétition entre les trois plus grandes écoles de sorcellerie, se déroule cette année à Poudlard. Un champion par école est choisi et tous les trois doivent remporter des épreuves. Comme c'est très dangereux, des précautions sont prises afin qu'aucun élève de moins de dix-sept ans ne dépose sa candidature. Quand les champions sont annoncés, Harry a été sélectionné comme... quatrième champion ! Comment est-ce possible ? Il n'a pas dix-sept ans et n'a pas posé sa candidature ! Cela demeure un vrai mystère. D'autres choses qui se passent dans cette histoire : le nouveau professeur de Défense contre les forces du Mal se révèle être Maugrey Fol Oeil, un ancien Auror (chasseur de mages noirs) atteint de paranoïa. Dans ce volume, on parle aussi de Sirius Black.

Ce tome commence très fort : Harry est en pleine crise d'adolescence, il est sans nouvelles du monde des sorciers depuis la renaissance de Voldemort, lui et Dudley se font attaquer par des Détraqueurs en plein quartier Moldu...
Puis les évènements se précipitent. Le jeune sorcier apprend l'existence de l'Ordre du Phénix, une société secrète. Il doit faire face à un procès. Il rentre à Poudlard et découvre la nouvelle prof de Défense contre les forces du Mal, Dolores Ombrage, une femme tyrannique qui doit son poste à Cornélius Fudge.
De plus, personne ne croit au retour de Voldemort et prend Harry pour un fou... Et le Ministère "pète les plombs".

Accompagnés des géants, les Mangemorts sèment de plus en plus le chaos à travers le pays, tant chez les moldus que chez les sorciers. Harry, sous le choc de la mort de son parrain Sirius, ne reste que 15 jours chez les Dursley ; en effet, Dumbledore vient le chercher pour qu'il l'aide à convaincre Horace Slughorn, un ancien professeur de potions et directeur de la maison de Serpentard, de reprendre son poste d'enseignant à Poudlard. Slughorn, qui se cache car les Mangemorts le recherchent, est un peu vaniteux et aime s'entourer de personnes célèbres : il ne résiste pas à la tentation d'avoir Harry comme élève et accepte donc la proposition. Harry est ensuite emmené chez les Weasley pour y finir ses vacances.
Rufus Scrimgeour a remplacé Cornelius Fudge au poste de Ministre de la Magie, et veut tenter de montrer qu'il combat efficacement le Seigneur des Ténèbres en cherchant à se procurer le soutien officiel de Harry Potter et en arrêtant des gens comme Stan Rocade, le contrôleur du Magicobus, en le faisant passer pour un Mangemort. Pendant ce temps, la mère de Drago Malefoy réussit à convaincre Rogue d'aider son fils à accomplir la mission mystérieuse confiée à Drago par Voldemort. Rogue accepte donc de faire le Serment Inviolable avec Narcissa, la mère de Malefoy. Lors de courses au Chemin de Traverse, Harry, Ron et Hermione surprennent Drago passant commande d'une chose inconnue et évoquant quelque chose qu'il doit remettre en état auprès de Barjow et Beurk dans l'allée des Embrumes, allée entièrement dédiée à la magie noire. Pour convaincre Barjow, Drago lui montre quelque chose et le menace de lui envoyer Fenrir Greyback pour voir s'il accomplit la tâche que Malefoy lui a confiée. Harry suppose alors que Drago est devenu un Mangemort et que ce qu'il a montré à Barjow est la Marque des Ténèbres. Ses amis sont en revanche peu convaincus par cette hypothèse. À Poudlard, les élèves découvrent que Slughorn n'a pas été embauché pour enseigner la Défense contre les Forces du Mal, mais les cours de Potions. C'est donc Rogue qui récupère le poste qu'il convoitait tant depuis de longues années. Harry, qui n'avait pas prévu de continuer les cours de potions, récupère le vieux livre du « Prince de Sang-Mêlé ». Les annotations du prince lui permettent de devenir le premier de sa classe en potions et le chouchou de Slughorn, au grand regret d'Hermione. D'autres annotations suggèrent que le "Prince" a inventé des sortilèges, comme le "Levicorpus", que Harry avait vu exercer par son père sur Rogue. Il pense alors que le "Prince" est son père.
Harry rejoint régulièrement Dumbledore qui plonge avec lui dans la Pensine pour lui montrer certaines bribes du passé de Voldemort. Dumbledore révèle à Harry l'existence d'une terrible forme de magie : les Horcruxes, objets ou créatures dans lesquelles Voldemort a enfermé une partie de son âme; s'il est tué, il peut continuer à vivre grâce à un de ses Horcruxes. Dumbledore en a découvert au moins deux, qui sont déjà détruits : le journal intime de Tom Jedusor au cœur du drame de la Chambre des Secrets, et une bague que Dumbledore porte maintenant au doigt mais qui lui a infligé une grave blessure dont il ne se remet pas.
Harry découvre ses sentiments pour Ginny, laquelle a pourtant déjà un petit ami, Dean Thomas. Ron, piqué au vif par une réflexion de sa sœur sur son inexpérience amoureuse, sort avec Lavande Brown, relation qu'il va regretter par la suite car Lavande le suit partout. Il se fâche aussi pendant un temps avec Hermione, blessée de la relation de Ron avec Lavande.
Harry constate que Malefoy semble malade : il suppose avec justesse que sa faiblesse a un rapport avec la mission que lui a confié Voldemort. Harry tente de découvrir ce que mijote Malefoy mais n'y parvient pas. Plus étrange, lorsqu'il utilise la Carte du Maraudeur, il constate à plusieurs reprises l'inexplicable absence de Drago du château... Grâce à Dobby et Kreattur, il apprend finalement que Drago va régulièrement dans la Salle-sur-Demande, mais lui ne parvient pas à y entrer pour découvrir ce qu'il s'y passe.
Alors que Harry sort enfin avec Ginny, Dumbledore le sollicite pour partir à la recherche du troisième Horcruxe, le médaillon de Serpentard, dans la grotte où Tom Jedusor avait un jour emmené deux de ses camarades de son orphelinat. Sur place, Dumbledore doit boire une potion qui l'affaiblit considérablement. De plus, ils doivent repartir pour affronter une meute d'Inferi. À leur retour à Poudlard, ils découvrent au-dessus de l'école la Marque des Ténèbres. Pour rentrer à Poudlard le plus vite possible, ils empruntent des balais à Mrs Rosmerta qui est soumise au sortilège de l'Imperium. Arrivés à Poudlard, ils découvrent que l'école a été prise d'assaut par des Mangemorts. Drago Malefoy, dont la mission était de faire entrer les Mangemorts dans Poudlard (il avait découvert une faille dans la protection du château, utilisait la Salle-sur-Demande à cet effet et empruntait l'armoire à disparaître de chez Barjow et Beurk) et de se débarrasser du directeur de l'école, tente de tuer Dumbledore, mais n'en a pas le courage et ne fait que le désarmer. Finalement, c'est Severus Rogue qui tue le directeur sous les yeux impuissants d'Harry, caché sous sa cape d'invisibilité et immobilisé par un sortilège que lui a jeté Dumbledore pour le protéger. C'est en s'enfuyant avec Drago Malefoy que Rogue révèle à Harry qu'il est le Prince de Sang-Mêlé.
Harry découvre que le médaillon rapporté par Dumbledore n'est qu'une réplique, déposée par le mystérieux R. A. B.. Après l'enterrement de Dumbledore, Harry prend la décision de ne pas revenir à Poudlard l'année suivante, et de partir à la recherche des autres Horcruxes. Il rompt avec Ginny, ne voulant pas la mettre en danger, mais est heureux de bénéficier du soutien de ses amis Hermione et Ron. Ginny lui apprend qu'elle n'a en fait jamais cessé de l'aimer et qu'elle a fait semblant de renoncer à lui sur les conseils d'Hermione pour qu'il la remarque.

Lord Voldemort et ses disciples tendent une embuscade à Harry Potter lorsque celui-ci quitte la maison des Dursley pour la dernière fois. Voldemort cherche une nouvelle baguette magique qui puisse battre celle d'Harry. Peu de temps avant que la protection d'Harry n'expire avant son dix-septième anniversaire, les membres de l'Ordre du Phoenix arrivent pour l'escorter jusqu'à un endroit sûr, mais ils sont attaqués. Harry s'échappe et atteint le Terrier, mais Hedwige et Maugrey Fol-oeil sont tués. Peu de temps après, Rufus Scrimgeour arrive pour donner à Harry, Ron et Hermione l' héritage de Dumbledore auquel ils ont droit. Ron reçoit un Deluminator, et Hermione un livre de contes de fées. Harry hérite de l'épée de Gordric Gryffondor et du Vif d'or qu'il attrappa lors de son premier match de Quidditch. Cependant Scrimgeour conserve l'épée, arguant qu'elle n'a jamais appartenu à Dumbledore, mais plus tard un anonyme leur indiquera son emplacement, et Harry s'en emparera. Le trio va chez Xenophilius Lovegood pour l'interroger à propos d'un symbole qu'ils ont découvert dans le livre de contes de fées d'Hermione. Il répond qu'il réprésente les reliques de la mort, trois objets légendaires qui défièrent la mort: la baguette de l'aîné, la pierre de résurrection et la cape d'invisibilité. Interrogé à propos de l'absence de Luna, Lovegood admet que les mangemorts l'ont enlevée et qu'il vient d'alerter le Ministère de leur présence. Le trio parvient cependant à s'échapper. Snatcher capture le trio à leur camp. Ils sont emprisonnés au manoir des Malfoy, avec Luna Lovegood, Dean Thomas, Ollivander et Griphook le goblin. Trouvant l'épée de Gryffondor parmis les possessions du trio, Bellatrix Lestrange les suspecte d'être entrés dans son coffre, à la Banque Grigott's et elle torture Hermione. Dobby apparaît dans la cave pour secourir les prisonniers. Harry et Ron se précipitent en-haut pour secourir Hermione. Harry désarme Bellatrix et Draco et prend leur baguette. Dobby réapparaît et ils transplanent jusqu'au Cottage de Billy et Fleur Weasley. Alors qu'ils disparaissent, Dobby est mortellement poignardé par Bellatrix. Au cottage, Ollivander confirme l'existence de la baguette de l'aîné et informe le trio qu'une baguette peut changé d'allégeance si le propriétaire précédent est battu ou désarmé. Le comportement de Bellatrix convainct le trio qu'un autre Horcrux est caché dans le coffre des Lestrange. Aidés par Griphook, ils arrivent à entrer dans le coffre et trouvent l'horcrux, coupe d'Helga Poufsouffle. Entre-temps, Voldemort a volé la baguette de l'aîné dans la tombe de Dumbledore, et réalise alors que ses Horcruxes sont détruits. Le lien mental avec Harry révèle à celui-ci qu'un horcrux est caché à Poudlard. Harry allerte les enseignants de l'arrivée imminente de Voldemort. L'Ordre du Phoenix, l'Armée de Dumbledore et d'anciens étudiants de Poudlard arrivent alors que Voldemort lance l'attaque. Parmis les nombreuses victimes se trouvent Fred Weasley, Remus Lupin, Nymphadora Tonks-Lupin et Colin Creevey. Harry se souvient avoir vu le Diadème-horcrux auquel pensait Voldemort lors de leur connexion mentale dans la Salle sur Demande. Alors qu'ils sont dans la salle, le trio est attaqué par Draco, Crabbe et Goyle. Crabbe rate un puissant sort de Feux du Démon, se tuant lui même et détruisant le diadème-horcrux. Harry pénètre à nouveau dans l'esprit de Voldemort pour le localiser, et se rend ensuite avec Ron et Hermione à la Cabane hurlante.